مکان‌یابی QTLهای اصلی و اپیستاتیک و اثر متقابل آنها با محیط برای صفات کیفیت پخت و خوراک برنج در یک جمعیت لاین‌های نوترکیب خویش آمیخته

کیفیت پخت مطلوب با توجه به ذائقه مصرف کنندگان در کشورهای مختلف متفاوت است، ولی میزان آمیلوز، درجه حرارت ژلاتینی شدن و خصوصیات نشاسته (حاصل از منحنی دستگاه رپید ویسکو آنالایزر)، شاخص‌های اولیه و اصلی تعیین کننده کیفیت پخت و خوراک دانه برنج در همه دنیا هستند. هدف اصلی این پژوهش، شناسایی پارامترهای ژنتیکی شامل QTLهای اصلی، QTLهای اپیستاتیک و اثر متقابل آنها با محیط در کنترل ژنتیکی این صفات بود. داده‌های آزمایش طی سه سال (1389-1391) از جمعیت لاین­های خویش آمیخته نوترکیب حاصل از تلاقی دو رقم برنج ایرانی هاشمی × نعمت جمع‌آوری شد. نقشه پیوستگی جمعیت با استفاده از 171 نشانگر ریزماهواره تهیه شد و سپس تجزیه QTL با استفاده از نرم افزاز QTL-NETWORK 1.2 که پارامترهای ژنتیکی شامل QTLهای اصلی، QTLهای اپیستاتیک و اثر متقابل آنها با محیط را برآورد می‌کند، انجام شد. در مجموع هیجده QTL اصلی برای 10 صفت مورد بررسی شناسایی شد که اغلب آنها روی کروموزوم 6 قرار داشتند. اثر متقابل QTL×محیط در ده QTL اصلی معنی‌دار شد، به طوری که تنوع فنوتیپی توجیه شده به وسیله این اثر متقابل برای هر صفت از 09/0 تا 14/8 درصد متغیر بود. هفده QTL با اثر اپیستازی شناسایی شد که 34 جایگاه ژنی در آنها دخیل بوده و دو QTL اپیستاتیک دارای اثر متقابل با محیط بودند. شش خوشه QTL که همگی روی کروموزوم 6 بودند و سه خوشه همبسته با جایگاه ژن واکسی و یکی از آنها همبسته با جایگاه ژن آلکالین بود، شناسایی شدند. نتایج این پژوهش نشان داد که برخی از صفات مربوط به کیفیت پخت و خوراک برنج توسط دو ناحیه ژن واکسی و آلکالین روی کروموزم 6 کنترل می‌شوند. بنابراین، از نشانگرهای همبسته با این دو ژن پس از ریز مکان­یابی و تایید آنها توسط برنامه‌های Validation، می‌توان در برنامه‌های اصلاحی انتخاب به کمک نشانگر جهت بهبود کیفیت پخت و خوراک ارقام استفاده کرد.